La forteresse, construite au viie siècle sur un piton rocheux, fait partie au Moyen Âge d'un système défensif contrôlant la plaine de l'Ararat. C'est un des rares témoignages de l'architecture militaire arménienne au Moyen Âge. L'église a été construite par le prince Vahram Vatchoutian (d'où son nom, Vahramashen, « construite par Vahram ») en 10261. Le matériau utilisé est le tuf (matière volcanique).
Pris par les Seldjoukides au xie siècle, Amberd est détruit par les Mongols au xiie siècle.