Le monastère appartient à la deuxième période de développement de l'architecture médiévale arménienne, au xiiie siècle. Saghmosavank entrait dans les possessions de la famille des Vatchoutian.
Ses principaux bâtiments sont l'église Sourp Sion (« Sainte-Sion »), le gavit, le matenadaran (« bibliothèque ») et la petite église Sourp Astvatsatsin (« Sainte-Mère-de-Dieu »).