L’église fut élevée en 1303 par le petit-fils du prince Tarsaïtch Orbélian, dont le château était à Aréni. A cette époque, l’Arménie était sous la souveraineté mongole (1242-1344). Les seigneurs et les forces arméniennes étaient réquisitionnées par les Mongoles dans la lutte contre les Mamelouks et des tribus turques, rivalisant pour les terres riches du royaume arménien.
L’église Zorats est unique parmi les églises arméniennes. Il n’y a pas de structure identique, conservée dans le pays. L’église Zorats n’a ni espace fermé avec un intérieur voûté ou un dôme, ni hall intérieur. Le seul espace en toiture est l’abside de l’autel à l’est et ses annexes dont les deux côtés donnent sur une grande cour à l’ouest. Par ailleurs, l’autel est plus élevé que d’habitude : à une hauteur d’un cavalier assis sur la selle.